К числу таможен, с которыми сотрудничает транспортная компания «Гермес» относится Балтийская таможня (Санкт-Петербург и область). Располагается эта таможня в СПб на Канонерском острове. Сотрудники Балтийской таможни занимаются всеми вопросами, связанными с таможенным оформлением грузов и их декларированием. Крупная Балтийская таможня известна по всей Российской Федерации. Эта таможня в СПб используется, когда доставка грузов идет через Санкт-Петербург.