Законодательно ФТС России является федеральным органом исполнительной власти. В соответствии с этим ФТС осуществляет функции по контролю и надзору в области таможенного дела, а также ФТС России выполняет функции агента валютного контроля и специальные функции по борьбе с контрабандой и иными преступлениями. Находится ФТС России в ведении Минэкономразвития России. В своей деятельности ФТС России руководствуется Конституцией РФ, также ФТС руководствуется указами Президента РФ, постановлениями и распоряжениями Правительства РФ и т.д.
Руководитель ФТС России организовывает работу ФТС и несет персональную ответственность за выполнение возложенных на ФТС России функций по контролю в области таможенного дела. Руководитель ФТС представляет ФТС России в отношениях с другими органами государственной власти, гражданами и организациями, подписывает от имени ФТС России договоры, а также осуществляет иные полномочия, установленные законодательством РФ и Положением о ФТС России.